Биосинтез фосфолипидов группы РАР, обладающих сигнальными свойствами, может идти двумя путями. При биосинтезе de novo (преобладающем в почках и ЦНС) первым этапом биосинтеза является перенос ацетильной группы с коэнзима А на 2-гидро-ксил 1-О-алкилглицеро-З-фосфата, катализируемый 1-О-алкилгли-церо-3-фосфат:ацетил-КоА:ацетилтрансферазой. Под действием PAF-фосфогидролазы происходит гидролиз фосфоэфирной связи полученного продукта, и к освободившемуся гидроксилу в положении 3 глицерина присоединяется фосфохолин, переносимый в форме цитидиндифосфатхолина ферментом ЦДФ-холинфосфотрансфе-разой. Второй путь биосинтеза PAF (преобладающий в клетках, участвующих в воспалительной реакции) может инициироваться факторами, активирующими фосфолипазу А. Фермент гидролизует сложноэфирную связь между карбоновой группой жирной кислоты (арахидоновой кислоты, С20:4) и гидроксилом-2 глицерина 1-О-ал-кил-2-арахидоноилглицеро-З-фосфохолина с высвобождением свободной кислоты (способной служить субстратом для биосинтеза эй-козаноидов) и лизо-PAF. К освободившемуся 2-гидроксилу глицерина в лизо-PAF с помощью ацетилтрансферазы далее присоединяется ацетат с использованием в качестве второго субстрата ацетил-КоА с образованием PAF. Допускается существование и третьего пути биосинтеза PAF, начинающегося с реакции трансацилирования, т.е. переноса остатка арахидоновой кислоты І-О-алкил-2-арахидоноил-глицеро-3-фосфохолина на лизофосфолипидный акцептор с образованием лизо-PAF. Синтез PAF из лизо-PAF может происходить также неферментативным путём за счёт переноса ацетильных остатков с ацетилированных белков (альбумина, аполипопротеина А-1), с которыми контактирует лизо-PAF.

Биосинтез PAF — строго контролируемый процесс, включающий тканеспецифичную регуляцию активности соответствующих ферментов самыми разнообразными факторами. Например, образование PAF клетками эндотелия стимулируют тромбин, фактор роста эндотелия сосудов (VEGF), фактор некроза опухолей альфа (TNFa), липополисахариды бактериальной стенки, гипоксия, а ингибирует оксид азота. Предполагается, что одной из причин развития септического шока может служить дисрегуляция образования PAF.